По ревизским сказкам 1762 года (РГАДА. Ф.350. Оп.2. Д.2454. Л.1-30) первое официальное упоминание деревни Саперкина — это и есть дата основания села Саперкино. В деревнях Саперкина и Малая Саперкина тогда значилось 314 душ мужского и 226 душ женского пола.
Первые чуваши-переселенцы пришли в междуречье Сока и Сургута в 1744 году; в 1754 году подали просьбу о закреплении за ними земли (во второй ревизии 1747 года они не отметились, опасаясь наказания за бегство от рекрутского набора). Традиция относила основание села к 1744 или 1754 году, но по архивным документам датой основания считается 1762 год. В марте 2012 года саперкинцы отмечали 250-летие основания села.
Основатель села — чувашский крестьянин-новокрещен Савелий Борисов (языческое имя Сапер Тоимкеев) из с. Мокшины Свияжского уезда; от его имени произведены названия деревень Большой и Малой Саперкиных.